（一）人事秘书科

负责办理局机关党务、政务、事务及所属单位的综合协调和督查督办工作；承担机关财务、资产管理、安全保卫、计划生育和人大建议、政协提案办理工作；承担机关及直属单位人事劳资、社会医保、后勤服务、工青妇工作和离退休人员管理服务；承担信息化建设、新闻宣传、信息发布和环保干部职工培训教育工作；承担环保专项资金管理和审计监督工作；承办纪检监察和党风廉政建设相关工作。

（二）污染控制科

负责拟订全市主要污染物排放总量控制计划并监督实施；负责排污许可证制度的实施和污染减排考核工作；承担全市水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车、放辐射等的污染防治和监督管理工作；承担污染源调查、限期治理及污染治理项目的监督实施；负责城市环境综合整治定量考核及烟控区、噪声达标区的建设工作；组织开展环境质量监测、评估；承担全市环境统计工作。

（三）执法监察科

负责拟订全市环境保护的办法措施、规范性文件并监督实施；承办全市环保目标责任书考核事宜；参与或组织实施环境事故调查处理和环境应急工作；拟订全市年度排污费征收计划，组织开展环境执法稽查和排污收费稽查；承担环境保护行政处罚、行政复议、诉讼赔偿工作；参与全市污染受害者法律援助机制建设;组织开展全市环境保护监督检查、执法检查；承办市环境保护委员会的日常工作。

（四）规划环评科

贯彻执行国家关于建设项目环境管理的法规、政策和技术标准；负责拟订全市环境保护整体规划、专项规划和环境功能区规划并组织实施；审核其它规划中的环境保护内容；承担组织各类建设项目环境影响评价文件的技术评估、审批和“三同时”竣工验收工作；监督指导县（区）建设项目环境管理工作；承担环境保护科技工作；指导环保产业发展和循环经济相关工作；监督管理环境影响评价机构资质；负责清洁生产审核和环境标准体系认证工作；承担与环境保护有关项目的申报、协调和环境保护专项资金使用的管理；办理环境保护方面对外交流合作事项。

（五）自然生态保护科

负责拟订全市生态保护规划并监督实施；承担全市自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护和野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护工作、生物技术环境安全工作；负责生态环境破坏案件的调查处理工作；协调实施全市农村环境保护和饮用水源环境保护；指导实施全市农村环境综合整治、生态示范建设工作；负责组织实施环境保护、生态文明宣传教育工作。

设立中共庆阳市纪律检查委员会派驻市环境保护局纪检组、庆阳市监察局派驻市环境保护局监察室。